跟着顶刊学思路:磷酸化修饰组学如何助力肺癌代谢新靶点GUK1的发现

蛋白质翻译后修饰(PTM)是生命活动最为精密的调控方式之一。从磷酸化、乙酰化泛素化等经典修饰到乳酰化、富马酰化等新型修饰,这些化学修饰精细调控着蛋白质的功能、定位、相互作用与稳定性,几乎参与了所有生命过程。

磷酸化修饰肺癌代谢GUK1
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跟着顶刊学思路:磷酸化修饰组学如何助力肺癌代谢新靶点GUK1的发现
前言

蛋白质翻译后修饰(PTM)是生命活动最为精密的调控方式之一。从磷酸化、乙酰化、泛素化等经典修饰到乳酰化、富马酰化等新型修饰,这些化学修饰精细调控着蛋白质的功能、定位、相互作用与稳定性,几乎参与了所有生命过程。近年来,随着修饰蛋白质组学技术的成熟,修饰蛋白组学也频频登上顶刊,成为揭示疾病机制和发现新药靶点的关键引擎。

2025年2月,哈佛医学院团队在 Cell 上发表了题为 "GUK1 activation is a metabolic liability in lung cancer" 的研究。该研究通过酪氨酸磷酸化(pY)亲和富集+质谱,首次发现鸟苷酸激酶1(GUK1)的Y74磷酸化是ALK融合阳性肺癌的关键代谢开关。

本文将带您拆解这项研究的技术路线,看顶级研究如何一步步"锁定"新的靶点。

研究背景
为何关注ALK+肺癌中的磷酸化事件?

ALK(一种受体酪氨酸激酶)基因融合是NSCLC的重要分子亚型,约占肺腺癌的4%-6%。尽管ALK靶向抑制剂(如劳拉替尼,第三代ALK酪氨酸激酶抑制剂)在临床上取得了显著疗效,但已经显示耐药现象。更重要的是,代谢依赖性如何在癌基因驱动的肺癌中赋予治疗敏感性和耐药性,此前知之甚少。

作者的核心假设是:ALK作为受体酪氨酸激酶,可能通过酪氨酸磷酸化修饰调控代谢酶,从而重塑肿瘤的核苷酸代谢。为了验证这一假设,他们启动了酪氨酸磷酸化蛋白质组学筛选。

研究路线
1. 通过酪氨酸磷酸化组学锁定GUK1

作者通过使用pan-pY抗体,选择多种TKI敏感、不敏感和ALK阴性的细胞进行WB,最终选取了三株ALK TKI敏感的患者来源细胞系(H3122、MGH045-1、MGH919-5)和一株ALK阴性对照细胞系(Calu-1),分别用DMSO或劳拉替尼处理1小时后,进行酪氨酸磷酸化蛋白质组学分析和常规定量蛋白质组学分析,用于筛选有显著变化的磷酸化位点(常规定量蛋白组可去除因蛋白量变化导致位点变化的假阳结果)。

实验通过酪氨酸磷酸化抗体的琼脂糖珠进行免疫亲和富集,富集的肽用于质谱检测。

结果:检测到1,665个独特磷酸化位点,覆盖972种蛋白。其中239个磷酸化位点位于150种代谢蛋白上。经过对比分析,GUK1的Y74位点磷酸化在劳拉替尼处理后下降高达74%,且在三种ALK+细胞系中高度一致,但在ALK阴性细胞中无此现象。

2. 位点和互作验证
验证层面 技术方法 结果
直接磷酸化 体外激酶实验(重组ALK + 重组GUK1)+ Western Blot ALK直接磷酸化GUK1 Y74,劳拉替尼可阻断
酶活性变化 GUK1酶活性偶联测定法(NADH消耗法) 磷酸化使GUK1活性显著升高
细胞内结合 免疫共沉淀(Co-IP) ALK与GUK1在细胞内直接结合
位点特异性 定点突变(Y74F) Y74是关键的磷酸化位点,突变后磷酸化消失
结构机制 分子动力学模拟 + 热稳定性实验 磷酸化稳定GMP结合域,维持催化活性构象
3. 功能验证 — 磷酸化如何影响肿瘤
验证层面 技术方法 结果
代谢物变化 LC-MS靶向代谢组学 + 稳定同位素示踪(¹⁵N标记) GUK1磷酸化促进GDP/GTP合成
基因功能 CRISPR-Cas9敲除GUK1 GUK1缺失减缓细胞增殖
磷酸化必要性 在GUK1敲除细胞中回补WT GUK1 vs 回补Y74F突变体 明确了"仅仅是GUK1蛋白存在不够,必须被磷酸化激活"
体内成瘤验证 皮下异种移植(NSG小鼠):分别植入表达WT或Y74F的细胞 Y74F肿瘤生长速度、体积和重量均显著小于WT组
耐药/复发模拟 异种移植 + 劳拉替尼给药及停药撤药实验 GUK1磷酸化是TKI停药后肿瘤反弹的关键驱动力
临床空间相关性 pGUK1抗体 + MALDI-MSI空间代谢组学 + 图像配准 pGUK1阳性区域与GDP/GTP富集区域在空间位置上高度统计显著相关,而GMP与pGUK1无相关性

备注:为了直接在患者来源细胞系和人类肿瘤标本中检测GUK1 Y74磷酸化状态,作者专门定制了磷酸化位点特异性抗体(pGUK1)。文中使用该抗体做了WB(监测加药后磷酸化动态)和IHC(临床组织切片空间定位)。

4. 下游机制和拓展验证 — GTP如何影响信号通路

作者进一步发现,Y74F突变导致Ras-GTP负载减少,进而抑制MAPK信号通路(pMEK/pERK下降)。此外,通过全磷酸化蛋白质组学分析,还发现RAC1、RHO等其他GTPase通路同样受GUK1调控。

作者还证明,ROS1和RET融合激酶同样能磷酸化GUK1 Y74,提示GUK1激活可能是多种癌基因融合驱动的肺癌共有的代谢弱点。

总结

这项发表于 Cell 的研究清晰地展示了一条从磷酸化蛋白质组学筛选到靶点验证、再到机制解析和临床相关性确认的完整研究路径。其中,以下几个关键技术环节:

  • 磷酸化酪氨酸(pY)肽段的免疫亲和富集
    这是整个研究的"第一公里"。没有高质量的pY富集,就不可能从海量蛋白质中精准锁定GUK1。该步骤对抗体的特异性、beads的偶联效率、以及实验方案的稳定性都有较高的要求。
  • 磷酸化位点特异性抗体的定制
    为了验证Y74磷酸化的功能,作者专门定制了磷酸化位点特异性抗体(pGUK1 Y74),用于Western Blot和IHC检测。抗体的定制,不仅是便于实验的直接验证和结果的直接呈现,更保证了检测的特异性和结果的准确性。
  • Western Blot与IHC的验证体系
    从总蛋白检测到磷酸化检测(pGUK1、pERK、pMEK、pAKT等),研究中使用了大量高质量的一抗和二抗用于信号验证。
  • 免疫沉淀(IP)与免疫共沉淀(Co-IP)
    验证ALK与GUK1的物理相互作用,离不开高质量的IP实验体系。

总的来说,从最初的酪氨酸磷酸化肽段富集,到后续的Western Blot检测、免疫共沉淀(Co-IP)、IHC组织染色,再到磷酸化位点特异性抗体的定制,我们的产品线可以完整覆盖研究的每一个关键环节。

关于我们

斯达特(STARTER)作为优宁维(Univ)旗下专业抗体品牌,深耕修饰性抗体领域多年,致力于为生命科学研究提供从翻译后修饰(PTM)富集到靶标验证的全链条工具。我们专注于磷酸化、乙酰化、乳酰化、糖基化、甲基化、泛素化等各类修饰抗体与富集beads的开发与生产,同时提供全面的常规一抗、二抗以及免疫沉淀(IP)相关试剂盒,是您开展高质量蛋白质修饰研究的理想伙伴。

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参考文献

Schneider JL, Kurmi K, Dai Y, Dhiman I, Joshi S, Gassaway BM, Johnson CW, Jones N, Li Z, Joschko CP, Fujino T, Paulo JA, Soda Y, Baquer G, Ruiz D, Stopka SA, Kelley L, Do A, Mino-Kenudson M, Sequist LV, Lin JJ, Agar NYR, Gygi SP, Haigis KM, Hata AN, Haigis MC. GUK1 activation is a metabolic liability in lung cancer. Cell. 2025 Mar 6;188(5):1248-1264.e23. doi: 10.1016/j.cell.2025.01.024. Epub 2025 Feb 6. PMID: 39919745; PMCID: PMC12148050.

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